İnsan Hakları Hukuku Uygulama ve Araştırma Merkezi (Merkez), Bilgi Hukuk Fakültesi’nin 1999-2000 dönemindeki hazırlığı sonucunda, Yükseköğretim Kurulu’nun 4 Aralık 2000 tarihli kararıyla kuruldu. O tarihte, henüz Bilgi Hukuk Fakültesi de kuruluş sürecindeydi. Ancak, insan hakları hukuku odaklı araştırma ve eğitim faaliyetlerine yönelik ayrı bir akademik birimin kurulması, sadece bu girişimle sınırlı bir çaba değildi fakat Bilgi Hukuk Fakültesi’nin eğitim ve araştırma politikasına da vurgu yapan bir tercihti.

Merkez’in ve Bilgi Hukuk Fakültesi’nin ‘insan hakları’ yönelimli çalışmalarda birbirini destekleyici ve geliştirici bir tempo içinde faaliyette bulunmalarının ilk ürünü, 2001 yılında, Bilgi Üniversitesi bünyesinde ve Türkiye’de ilk kez, bir hukuk yüksek lisans programında sadece ‘insan hakları hukuku’ başlığı altında tanımlanan derslere yer verilmesi oldu. 

Merkez, kuruluşundan itibaren sadece akademik dünyaya hapsolmayan bir akademik birim olarak faaliyette bulundu. Başlangıçta, Türkiye’nin Avrupa Birliği’ne bir aday ülke olma statüsünün tanınmasıyla (1999) ilgili gelişmenin yol açtığı, ülke içindeki yapısal dönüşüm çalışmalarının da bu çalışmalara katkısı oldu. Türkiye’de, özellikle insan haklarının korunması ve geliştirilmesiyle ilgili yapısal gelişime katkıda bulunacak bu çalışma ve faaliyetler (esasen, insan hakları hukuku eğitim programları), o tarihlerde, Merkez’in öncelikli ilgi alanlarıydı. Bu çalışmalar, kamu yönetimi, toplumsal örgütler ve mesleki oluşumlarla işbirliği içinde olmaya özen gösterilerek hazırlandı ve geliştirildi. Merkez, bu politikasını bugün de korumaktadır. Bu husus, 2004 yılında, Harvard University Kennedy School of Government’ta, Prof. Michael Ignatieff danışmanlığında, Merkez hakkında hazırlanan bir yüksek lisans çalışmasında (policy analysis exercise) da dile getirilmiştir.

İnsan Hakları Hukuku başlığı altında açılan hukuk yüksek lisans programında, sadece insan haklarıyla ilgili hukukun uygulanması değil fakat hakların tanınması, korunması ve/veya geliştirilmesine yönelik bir faaliyet alanı içinde önemli çalışmalar gerçekleştiren ve farklı hak alanlarına yönelik faaliyette bulunan uluslararası sivil toplum örgütlerinin temsilcileri veya bireysel hak savunucuları, Merkez’in organizasyonu altında, iki yıl boyunca (2002-2004), yüksek lisans programında yer verilen ve o tarihte, haftalık konferanslar şeklinde yürütülen İnsan Hakları Aktivizmi dersinin konukları oldular. Deneyimlerini, öğrenciler ve Türkiye insan hakları hareketinin savunucularıyla paylaştılar. Bu sayede hak savunuculuğu olgusunun insan hakları hukukundaki önemi vurgulanmaya, incelenmeye sunuldu. 

Yukarda temas edilen nedenlerle, Merkez’in, kuruluşundan hemen sonraki yıllarda ağırlıklı olarak yer verdiği çalışmalar, farklı kurumlarla işbirliği içinde, öncelikli olarak insan hakları hukuku eğitimine yönelmiştir. Bu konuda, Türkiye yargı teşkilâtının tüm kurumlarıyla ve her düzeyde görevli mensuplarıyla birlikte yürütülen eğitim programları hazırlanmıştır. Bu faaliyetler 2001-2009 arası dönemde, Merkez’in çalışmalarında büyük bir yer tutmuştur. 

Bu faaliyetlerde, Üniversite kaynakları dışında, yerel ve uluslararası destek sağlayan kurumların katkısı önem taşır. Merkez’in kuruluşundan önce ve sonra, yakın ve güçlü bir işbirliği içinde olunan, İsveç merkezli Raoul Wallenberg Institute of Human Rights and Humanitarian Law ile uzun süreli kurumsal ortaklığın Merkez faaliyetlerinin gelişimine önemli katkıları olmuştur. Aynı bağlamda, Utrecht Üniversitesi bünyesinde yer alan Netherlands Institute of Human Rights (SIM) ile işbirliği içinde, üç yıl süren ve Türkiye Adalet Akademisi’nin işbirliği ve evsahipliğinde gerçekleştirilen, yargıç ve savcı stajyerlerine yönelik insan hakları hukuku eğitimi programı da anılmalıdır. Open Society Institute da, gerek İstanbul’daki Türkiye şubesi gerek Budapeşte merkezli Open Society Institute – Justice Initiative  sayesinde, Merkez’in yürüttüğü birçok araştırma ve eğitim projesi çerçevesinde, özellikle insan hakları ve yargı alanındaki çalışmalara destek sağlamıştır. Avrupa Birliği ve daha sonraları, TÜBİTAK da Merkez’in destek sağladığı yapılar arasındadır. Merkez’in bugüne kadar yürüttüğü araştırma ve eğitim çalışmaları konusunda bu sitede yer verilen “Projeler” başlığı altında ayrıntılı bilgi sunulmaktadır.

Merkez, insan hakları hukukunun her alanıyla ilgili çalışmalar yürütür. Bu çalışmalara hâkim olan yaklaşım, tüm ilişki biçimlerinde bir ‘hak’ bakışının olabileceği ve dolayısıyla, hukuktan yararlanmayı ön planda tutan bir güçlendirme anlayışının savunulmasıdır. Bu çalışmaların yoğunlaştığı bazı alanlar, kadının insan hakları; hakların korunmasına ilişkin yerel ve uluslararası koruma usulleri; ayrımcılık yasağı, azınlık hakları, mülteci hakları; ifade ve internet özgürlükleri; adalete erişim ve yargı; insan hakları eğitimi ve insan hakları savunuculuğu şeklinde belirtilebilir.

Merkez, ayrıca, insan hakları hukuku alanında çalışan Türkiyeli ve yabancı öğrenci ve araştırmacıların, Merkez’e yaptıkları başvuruları ve sundukları teklifleri değerlendirerek, Merkez bünyesinde sunulan konuk araştırmacı pozisyonu çerçevesinde, değişen uzunlukta bir süreyi kapsayan araştırma ve yerel araştırmacılarla temas ve işbirliği yapma olanağı sunmaktadır. 
    
Merkez bünyesinde gerçekleştirilen insan hakları hukuku alanındaki araştırmaların yayıma uygun bulunanları İstanbul Bilgi Üniversitesi Yayınları kapsamında yer alan “İnsan Hakları Hukuku Çalışmaları” dizisinde yayımlanır. Bu dizide, insan hakları hukuku ve uygulamasına ilişkin temel kaynak kitapları da yer alır.